Lai sekmētu Ikšķiles vidusskolas katra skolotāja izaugsmes, koncepcijas un pedagoģiskā kolektīva meistarības līmeņa motivētu profesionālā līmeņa paaugstināšanu,  Ikšķiles vidusskolā darbojas šādas mācību jomas:

• Sākumskolas mācību joma (vadītāja: Sanda Skujiņa);
• Sociālās un pilsoniskās mācību joma (vadītāja: Sigita Flintere);
• Dabaszinātņu mācību joma (vadītāja: Marta Sungaile);
• Tehnoloģiju mācību joma (vadītāja: Monta Turciņa);
• Latviešu valodas un literatūras mācību joma (vadītāja: Sanda Ziemele-Miezīte);
• Kultūras un mākslu mācību joma (vadītāja: Zane Bēķe);
• Svešvalodu mācību joma (vadītāja: Aija Jakovļeva);
• Matemātikas mācību joma (vadītāja: Inga Kumeliņa);
• Veselības un fiziskās aktivitātes mācību joma (vadītājs: Mikus Brencāns).

Mācību jomu (iepr. Metodisko komisiju) reglaments (jaunais reglaments sagatavošanā)